对于抗金战争却不作任何有力的部署。九月，金兵渡江南侵，宋高宗即率臣僚南逃。十月到越州(今浙江绍兴)，随后又逃到明州(今浙江宁波)，并自明州到定海(今浙江舟山)，漂泊海上，逃到温州(今属浙江)。

绍兴十年(1140)各路宋军在对金战争中节节取胜时，宋高宗担心将领功大势重、尾大不掉，又怕迎回钦宗后自己必须退位，于是下令各路宋军班师，断送了抗金斗争的大好形势。绍兴十一年(公元1141年)，解除岳飞、韩世忠等大将的兵权，向金朝表示坚决议和的决心。

不久，他与秦桧制造岳飞父子谋反冤案，以“莫须有”的罪名加以杀害，遂同金朝签定了屈辱投降的绍兴和议，向金称臣纳贡，以换取金承认自己在淮河、大散关以南地区的统治权。宋高宗在当了三十六年皇帝以后，于公元1162年(绍兴三十二年)六月以“倦勤”，想多休养为由，传位给养子赵昚，是为宋孝宗。

他自称太上皇帝。赵构退位后，自称不再问朝政，其实也干预一些政事。淳熙十四年十月乙亥日(1187年11月9日)，赵构病死于临安行宫的德寿殿，时年八十一岁，谥号圣神武文宪孝皇帝，庙号高宗。赵构死后，棺木未下葬，直到淳熙十六年(1189年)三月丙寅日，才下葬于都城绍兴府会稽县之永思陵。宋光宗绍熙二年(1191年)，加谥号为受命中兴全功至德圣神武文昭仁宪孝皇帝。