昭宗为了保障皇室安全，一度想任用宗室典掌军队，因阻力重重没有实现，却给宗室诸王带来了灭顶之灾。乾宁四年(897)，华州节度使韩建要挟来华州行宫的昭宗将宗室睦王、济王、韶王、通王、彭王、韩王、仪王、陈王等八人囚禁，他们所统领的殿后侍卫亲军两万余人也被迫解散，昭宗还不得不在韩建的要求下，将德王裕册为皇太子——这一决定为日后的政变埋下了隐患。

并进封韩建为昌黎郡王，赐“资忠靖国功臣”。光化元年(898)十一月，又发生了昭宗遭宦官废黜、皇太子裕监国的宫廷政变。昭宗经过这番折腾，往日的锐气消失殆尽，终日饮酒麻痹自己，脾气也变得喜怒无常，这引起了宦官的恐惧。十一月的一天，昭宗在禁苑中打猎，大醉而归。

当天夜间，手杀宦官、侍女数人。左右神策军中尉刘季述、王仲先借机要挟宰相召百官署状同意“废昏立明”，随即带兵突入宫中。刚刚酒醒的昭宗突然见到门外的兵士，惊坠床下，还挣扎起来想逃跑，被刘季述、王仲先左右挟持着摁在座位上。

后来，宰相崔胤联合禁军将领孙德昭发兵打败了刘季述，天复元年(901)正月昭宗“反正”，接受了群臣的朝贺。刘季述为乱棒击死，弃尸于市。皇太子裕降为德王，改名祐。昭宗被幽禁时，崔胤曾告难于正在定州(今河北正定)行营的汴梁(今河南开封)朱全忠，请他发兵问罪。此时，崔胤又派人到朱全忠军中请他以兵迎驾。

这正中朱全忠下怀，他立即前往长安，崔胤率文武百僚迎接。朱全忠随后与凤翔的李茂贞围绕争夺昭宗展开了激战。朱全忠大军围困凤翔一年多，凤翔孤立无援，城中百姓多饿死，昭宗也不得不在行宫自磨粮食以求生存。最终，凤翔城破，昭宗成为朱全忠的战利品。天复三年(903)，昭宗在朱全忠的押解下还京。他赐朱全忠“回天再造竭忠守正功臣”，并亲解玉带相赐。