只见他突然离座，一边指着文忠怒责道：“小子胆大包天，一派胡言乱语。朕斩绝叛逆，与你何干?”一边掷下奏章。文忠毫无惧色，朗声答道：“陛下杀尽功臣宿将，一旦边疆有警，或内有叛乱，那时谁来为国效力疆场?愿陛下三思。”朱元璋勃然大怒道：“李文忠，难道你就不怕死吗?朕成全你，将你一道杀了，看谁还敢再来噜嗦。”文忠抗声道：“文忠死不足惜，愿陛下多念及江山黎民。”朱元璋喝令武士将文忠押下监候。

李文忠劝谏被谴责的事，很快传入宫内。马皇后听了，大吃一惊。太祖回宫，只见马皇后闷坐一旁，脸上挂着两行泪水。他见了很是吃惊，忙问道：“皇后有何不快?”皇后回答：“听说陛下要斩文忠，我正为他难过呢?陛下一家亲人几十口，都早已亡故，只留下文忠。听说陛下要杀文忠，妾为他伤心呢!文忠是开国勋臣，又是你的外甥，难道你就不能饶他一命吗?”一席话，说得明太祖动了恻隐之心，不觉泪下。他赦免了文忠死罪，但削去官职，幽闭在家。

1383年(洪武十六年)冬季，李文忠得病。太祖亲临探视，并命淮安侯华中负责医治。1384年(洪武十七年)农历三月，李文忠去世，终年四十六岁。太祖怀疑华中下毒，便降低华中的爵位，将其家属逐至建昌卫，其他医生及妻子儿女都被斩首。太祖亲自写文致祭，追封李文忠为岐阳王，谥号武靖。配享太庙，肖像挂在功臣庙，位列第三。