靖难建功

1399年(建文元年)六月，燕王府护卫百户倪谅告发朱棣谋反，朝廷下令逮捕燕王府官属。

都指挥张信暗中向朱棣报信，朱棣便决定立即起兵，并以诛杀齐泰、黄子澄为名，号称奉天靖难。姚广孝则辅佐世子朱高炽留守北平。

同年十月，朱棣袭取大宁(今内蒙古宁城)，南军主帅李景隆趁机围攻北平。

姚广孝指挥将士守卫城池，击退南军的进攻，又在夜间将士兵用绳子吊出城外，与朱棣的援军内外夹攻，大破南军。李景隆、平安相继败退。

1400年(建文二年)，朱棣围困济南三个月，难以破城。姚广孝让人传信给朱棣，道：“将士已经疲惫了，还是班师吧。”朱棣于是退回北平。

后来，燕军又在东昌(今山东聊城)战败，大将张玉战死，朱棣再次退军。

当时，朱棣本打算稍作休整，但在姚广孝的极力劝谏下，继续进军，击败盛庸，攻破西水寨。

后来，姚广孝对朱棣道：“不要去攻打城池，应迅速直取京师。京师兵力单薄，一定能攻克。”朱棣采纳他的建议，在淝水、灵璧连败南军，并渡江进入京师。

辅佐朝政

1402年(建文四年)，朱棣称帝，是为明成祖。姚广孝被任命为僧录司左善世。

1404年(永乐二年)，姚广孝拜资善大夫、太子少师，并复姓为姚，赐名广孝。明成祖每次与姚广孝交谈，都称他为少师，而不直呼其名。

后来，明成祖命姚广孝蓄发还俗，被姚广孝拒绝。明成祖又赐他府邸、宫女，姚广孝仍不接受，只是居住在寺庙中，上朝时便穿上朝服，退朝后仍换回僧衣。

他到苏湖赈灾时，前往长洲，将获赐的黄金全部分发给宗族乡人。

此后，明成祖往来于南京、北京之间，并几次征伐蒙古，姚广孝都留在南京，辅佐太子朱高炽监国。1407年(永乐五年)，姚广孝又奉命教导皇长孙朱瞻基。

病逝

1418年(永乐十六年)，姚广孝病重，不能上朝，居住在庆寿寺中。成祖数次前去探视，并赐金睡壶。不久，姚广孝病逝，终年八十四岁。

成祖废朝二日，以僧人的礼制安葬姚广孝，追赠他为推诚辅国协谋宣力文臣、特进荣禄大夫、上柱国、荣国公，赐谥恭靖，还亲自为他撰写神道碑铭。

1425年(洪熙元年)，明仁宗追赠姚广孝为少师，将他的灵位放在明成祖的宗庙中。1530年(嘉靖九年)，明世宗又将姚广孝的灵位从太庙移到大兴隆寺，命太常寺春秋两次祭祀。